在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
阴、阳离子光球被一支神秘的狼族小队盗走，危机的矛头直指古古怪界。羊狼们追到古古怪界，发现潇洒哥与黑大帅也被抓去古古怪界之下的地心世界。为救双蛋，羊狼们义无反顾地向着地心世界出发。在地心世界的层层冒险中，羊狼们结识不同的探险者，对抗未知的怪物，闯过神秘的险境。经历无数次明争暗斗，羊狼们击败狼族小队救下双蛋，同时也揭穿了黑心皮蛋加工场的阴谋……
吸血鬼爱上人类少女
末日极限进化！
天赋平平的宣起，原本只是个神通榜上没有排名的神通者，人生理想只是在这一方天地中，安全第一地苟到最后。然而一次外出，他恰好撞见倾城女帝和上古魔物的激战，遭受池鱼之殃。危急时刻，宣起竟然开启了“天秀”系统，获得了“只要展现绝世高手风范，就能不断获得仰望值”的能力。此后，宣起误打误撞，不得不以“神皇转世”的身份登场，看似轻而易举地斩杀上古魔物，更连续击败异魔道高手，从此一朝成名天下知，受到整个大胜神州的敬仰。更神奇的是，他的一言一行总是被误会成大有深意，无数神通者视他若神明，而他也被异魔道当成了心腹大患。
鬼厉战妖王，道玄诛仙破兽神。
一场隆重的超人比赛正在星星球红红火火的进行着，各路超人汇聚于此，处处呈现出一片欢乐的汪洋。开心超人（刘红韵 配音）、甜心超人（邓玉婷 配音）、花心超人（严彦子 配音）等一行人亦来到此处，投身于这快乐的海洋之中，如此热闹的地方，自然也少不了调皮捣蛋惹麻烦的大大怪（高全胜 配音）和小小怪（严彦子 配音）。 让大家都没有想到的是，一场意外让除了开心超人、大大怪和张郎（祖丽晴 配音）以外的所有人都消失了，为了寻找下落不明的朋友，众人踏上了冒险的旅途，在前路上等待着他们的，除了接踵而至的困难和麻烦外，还有一群古灵精怪的迷你超人。
阿娟（大昕 配音）的父母在大城市打工养家，他留守在故乡，因为孱弱的体格和怯懦的性格常常遭到旁人的欺负。一次偶然中，阿娟邂逅了和自己同名的舞狮少女（秋木 配音），少女飒爽的英姿和如雷贯耳的话语激起了阿娟对舞狮这项传动活动的兴趣，他打算参加舞狮大赛来证明自己的能力，很快，阿娟的好友阿猫（大雄 配音）和阿狗（郭浩 配音）也加入了这个计划之中。 可是，舞狮哪有这么容易学，为了拜师，阿娟一行人找到了开鱼铺的咸鱼强（李盟 配音）。咸鱼强虽然现在活得窝囊，但曾经却是舞狮比赛的冠军，三个少年蓬勃的朝气和真挚的眼神打动了咸鱼强，重新唤醒了他对于舞狮的热爱。
一次意外的自来水厂污染，打破了屌丝青年白小飞的平淡生活。面对前所未闻超强大尸兄，小飞 毅然踏上了寻找女友的道路。但途中困难重重，身为普通人类的小飞渐渐力不从心。在注射了从网上购买的人体强化药剂后，自身潜能逐渐爆发。过五关斩六将，打败了各式各样的变异大尸兄。变异的源头幕后黑手也渐渐显露除了其锋利的獠牙……
“人类少年小鱼受邀前往遥远神秘的精灵王国，参加精灵女王的婚礼。借此机会，他终于可以见到阔别已久的精灵女友莉雅。 黑暗精灵携大军突然闯入，胁迫女王交出传说中掌控精灵命脉、拥有至高力量的生命宝玉。在遭到反抗后，黑暗精灵强行劫走了女王。 精灵王国陷入惶恐，被卷入纷争的小鱼为了保护莉雅，毅然同精灵们一起踏上营救女王的冒险，可他没有想到的是，这次征途不仅充满危险，还将是对他以及他们间爱情的巨大考验。
端木（许峰 饰）灵灵（曹曦月 饰）在探案过程中，发现了被宇宙病毒附体的暴恶兽人-欧克瑟亲王拉姆达（李宏磊 饰） 和符艾（龙女 饰），二亲王轻易占领关押着丧犬病毒感染者的U.C.P控制所，并使众多感染者再次成为欧克瑟，妄图组建欧克瑟大军，危害社会。U.C.P控制局派出卫队进攻控制所却屡受败绩，关键时刻雅塔莱斯和特鲁两位超级铠甲出现解救了控制所内的人质。拉姆达和符艾利用诡计潜出被D卫队包围的控制所，准备危害城市。端木、青山（曾祥程 饰）、阔海（李欣泽 饰）、柯胜（朱佳琦 饰）分别召唤雅塔莱斯、特鲁、拿瓦、茨纳米、驮拏多、酷雷伏铠甲，利用自然的力量对违反自然的可怕欧克瑟迎头痛击。不料，拉姆达与符艾却酝酿着另一个巨大的阴谋……
